Sparta Kolín byla založena 20. března 1912. Stejně jako většina fotbalových klubů v té době byla založena z mládežnického nadšení odvážlivců. Dle záznamu v kronice se rozhodli pozdější členové klubu Hess, Steiner, Miloš a František Musilové, Emil Němeček a Bedřich Michl zakoupit z výtěžku hudebního kroužku kopací míč a založit klub, jemuž po poradě a ustavující schůzi bylo dáno jméno Sparta.
V té době existoval v Kolíně již mnohem významnější fotbalový klub AFK Kolín, který patřil mezi zakládající členy fotbalové asociace. Sparta Kolín proto zpočátku působila pouze ve stínu AFK Kolín. Svou pozici si musela postupně budovat a ve stoleté historii ji hrozil několikrát zánik existence.
Politickou změnou v roce 1948 dochází také ke změnám ve sportu. Musí se také měnit názvy klubů. Sparta v názvu zaniká, postupně jsou v tomto období evidovány názvy ZTJ (závodní tělovýchovná jednota) Ramo, Koramo Kolín. Od roku 1951 již jsme součástí tělovýchovné jednoty Jiskra Kolín. V TJ byla sdružena i ostatní sportovní odvětví. Fotbalový klub je účastníkem krajských soutěží.
V roce 1990 pod vlivem nových společenských změn je z iniciativy ing. Františka Bílka svolána mimořádná schůze. Zde je rozhodnuto o odtržení fotbalového klubu z tělovýchovné jednoty a je přijat zpět historický název Sparta Kolín. V roce 1991 poprvé v historii klubu postupuje Sparta Kolín do Divize.
V roce 1995 byla založena společnost FK Sparta Kolín, s. r. o. Do klubu vstupuje v roce 1996 ekonomicky silný subjekt Koramo Kolín, a.s. a dochází ke změně názvu na FK Mogul Kolín.
V roce 1999 vyhráváme divizi pod vedením trenéra Václava Kotala a historicky poprvé jsme účastníky ČFL (České fotbalové ligy). Po dvouletém působení v ČFL v roce 2001 pod vedením Stanislava Kocourka postupujeme poprvé v historii klubu do 2. ligy, přestože v počátku jarní sezóny odstupuje generální sponzor Koramo Kolín.
Do druhé fotbalové ligy vstupujeme již s názvem FK Kolín, a.s.. Po ročním působení druhou ligu opouštíme. Pak 3 roky hrajeme ČFL. V roce 2005 sestupujeme zpět do divize. Po ročním divizním působení se opět vracíme do ČFL. Pak začíná smutné období klubu, které možno nazvat,,Od sestupu k sestupu ,, . Postupně v roce 2008 sestupujeme z ČFL a v následujícím roce opouštíme i divizi a končí pád až do krajského přeboru (2009).
Znovu musíme postupně stabilizovat klub. Výsledkem je postup zpět do divize v roce 2010(trenér Bohouš Pilný). V sezóně 2011/2012 působíme jako farma Vlašimi.
V roce 2012 slaví klub sto let od založení. Nejlepším dárkem je postup zpět do ČFL pod vedením trenéra Romana Veselého. Stáváme se farmou Mladé Boleslavi. Již v prvním roce působení v ČFL obsazujeme 2. místo. V roce 2014 klub dosahuje dalšího historického úspěchu – stáváme se vítězi ČFL (trenér Radim Nečas) a vracíme se po 13 letech do Fotbalové národní ligy.
Tým převzal trenér Jaroslav Veselý. Hlavním cílem bylo adaptovat mužstvo na druhou ligu a být konkurence schopni, tedy setrvat ve Fotbalové národní lize i pro nadcházející sezonu. Po neúspěšném podzimu vystřídal na trenérském postu Jaroslava Veselého Ladislav Bobek. Ani jeho působení nebylo úspěšné a náš klub se s druhou ligou rozloučil z poslední pozice.
Pád zpět do ČFL nebyl příznivou zprávou. V týmu prošlo opět k několika výrazným změnám a měl být připraven pro nadcházející sezonu, kdy se opět chtěl vyhřívat v čele soutěže. To se stále nedařilo a přišla další změna v pozici trenéra. Ladislava Bobka vystřídal po několika podzimních kolech Tomáš Staněk. Pod jeho vedením se klub zvedl, nicméně pádu do Divize už nezabránil.
V sezoně 2016/17 přebral mužstvo bývalý hráč Jiří Biško. Pozice trenéra áčka mu vydržela pouze do zimní přípravy, během které byl odvolán a nahrazen Jaroslavem Havrdou.
O zimní přestávce divizního ročníku 2018/19 přišel na pozici hlavního trenéra František Šturma. Po měsíci obdržel nabídku z druholigového Znojma a klub opustil. Jeho místo obsadil bývalý ligový stoper Petr Pavlík.
Důležitou součástí práce klubu je péče o mládež. V současné době máme statut SpSM (Sportovní střediska mládeže) a SCM (Sportovní centra mládeže). Součástí klubu jsou také týmy přípravek a fotbalová školička.